„Urweltliche Alterthümer“
Aus den drei Themengebieten, in die Graßegger seine Sammlungstätigkeit unterteilte, sticht der von ihm als "Urweltliche Alterthümer" bezeichnete paläontologische Schwerpunkt hervor. Hier zeigt sich im Unterschied zu den anderen Bereichen das Interesse des Kaufmanns an einer prähistorischen Epoche, die keine durch Menschenhand geschaffenen Objekte hinterließ, sondern versteinerte Pflanzen und Tiere. Erstaunlicherweise hat Graßegger zu diesem Thema seiner Sammlungstätigkeit nichts publiziert.
Umso bemerkenswerter ist es, dass dieser Teil seiner Sammlung dem Kaufmann in Wissenschaftskreisen erstmals über Neuburg an der Donau hinaus Bekanntheit verschaffte. Noch bevor er ab 1819 im Neuburger Wochenblatt über Neuburgs Geschichte zu veröffentlichen begann, wurden frühe Paläontologen in Deutschland auf Graßegger aufmerksam und besuchten ihn sogar in seinem Haus.
Als bedeutendstes Objekt beschrieben schon damalige Wissenschaftler den "Ornithocephalus (heute: Pterodactylus) brevirostris". Hierbei handelte es sich um Platte und Gegenplatte eines in Wintershof bei Eichstätt gefundenen Flugsauriers. Graßegger hielt das Tier zunächst für einen Frosch. Das Fossil wurde angeblich 1879 von den Nachkommen des Kaufmanns der Paläontologischen Staatssammlung in München geschenkt. Es galt dort aber im 20. Jahrhundert als verschollen.
Mitarbeiter der Staatssammlung entdeckten den "Pterodactylus" 1969 im Bestand des Neuburger Descartes-Gymnasiums wieder. Aufgrund ministeriellen Beschlusses wird das Fossil seither in München aufbewahrt. Auf der Gegenplatte ist das einzige vollständig erhaltene Siegel Graßeggers angebracht.
Der Historische Verein Neuburg legte nach seiner Gründung ebenfalls einen Schwerpunkt auf das Sammeln von Gesteinssorten und Fossilien wie Ammoniten, Höhlenbären oder Muscheln. Im Gegensatz zu den Gegenständen aus anderen Epochen erhielt der Verein keine der Versteinerungen aus der Graßeggerschen Sammlung. Der Verbleib jener übrigen paläontologischen Objekte ist nicht geklärt.